Unguja là một đảo có nhiều đồi núi, dài khoảng 85 kilômét (53 mi) theo chiều bắc-nam và rộng 30 kilômét (19 mi) theo chiều đông tây ở khoảng cách cực đại, với tổng diện tích 1.666 kilômét vuông (643 sq mi).[1] Unguja nằm ở phía nam của Quần đảo Zanzibar trên Ấn Độ Dương, cách hòn đảo lớn thứ hai của quần đảo là Pemba 59 kilômét (37 mi) về phía nam. Unguja và Tanzania đại lục tách biệt nhau qua eo biển Zanzibar.

Bao quanh Unguja là một số hòn đảo nhỏ hơn, trong số đó chỉ có hai đảo là Tumbatu và Uzi có người cư trú. Các đảo khác gồm có Bawe, Chapwani, Changuu, Chumbe, Kizingo, Kwale, Latham, Mautani, Miwi, Mnemba, Mwana wa Mwana, Nianembe, Popo, Pungume, và Ukanga.